マーカッシュ構造は索引付けされていませんが 、マーカッシュ構造を描画検索モードで使用すると興味深い使い方の可能性があります。
「アスピリン」について言及されている特許の例を見てみましょう。 分子検索モジュールの索引付けにより、アスピリンという単語が以下の構造に変換されます。
また、ユーザーがマ－カッシュ構造を描画することができ（以下を参照） 、アスピリンを含む化学構造のファミリーを検索し、すべてのドキュメント結果（アスピリンを含むもの）を見つけることができます。
たとえば上記のマーカッシュ構造の描画を描くと、一度に6つの分子を検索することができ（対称化合物は除きます）、そのうちの1つがアスピリンになります。