分子検索を使用すると、ユーザーはテキスト（名前、CAS番号）で検索したり、分子を描画したりできます。 分子を描画すると、検索のカスタマイズの可能性が増えます。
分子の構造を描いて検索するには、スケッチャー（描画モジュール）利用します。
原子/環/結合を表すさまざまなアイコンを使用して、分子を描画します。
.molファイルをスケッチャーに直接インポートすることもできます。
時間を節約するために、ファイルをインポートする代わりに、構造の名前（IUPAC名、一般名、流通名（商品名））を「自動認識」（デフォルトのインポートメニュー）に入力することもでき、また構造は即座に描画されます。自動認識機能は、SMILESおよびCAS番号でも機能します。 検索された構造を拡張するための変更をスケッチャーで描画できるようになりました。
水素を含む（描かれた）構造と、部分構造検索で置き換えられている水素との違い：
- 部分構造検索で、C、N、O、Pなどで水素を積極的に（あえて）描出しない場合、システムでは部分構造検索のバリエーションと見なします。
- 意図的に炭素原子上に水素原子を描く場合は、その位置が固定され、システムは強制的にその炭素原子上の水素を含む構造を検索します。
描画用のオンラインヘルプリンク（Marvin JS）もご覧いただけます。
はじめに：Getting started with Marvin JS
さらに詳しく知りたい場合は、スケッチャーオプションについてのdocumentation、またMarvin JSにおけるR基の描画detailed information about drawingもご参照いただけます。
Marvin JSで描画できるクエリ機能にご興味がある場合は、summary pageをご自由にご参照いただけます。