Sommaire


La recherche de molécules permet aux utilisateurs de rechercher par texte (nom, numéro CAS) ou de dessiner une molécule. Dessiner la molécule peut offrir plus de possibilités de personnalisation de la recherche.


Pour rechercher en dessinant la structure d'une molécule, un sketcher est disponible, qui s'appuie sur la technologie Marvin JS, bien connue des chimistes.


Introduction à Marvin JS

Plusieurs ressources en ligne pour Marvin JS sont disponibles, avec par ordre d'importance :

  1. Démarrer avec Marvin JS. 
  2. Si vous voulez aller plus loin, vous pouvez trouver ici une documentation sur les options du sketcher, et des informations détaillées sur le dessin des groupes R dans Marvin JS.
  3. Si vous êtes intéressé par les caractéristiques des requêtes, qui peuvent être dessinées dans Marvin JS, une page de résumé est à votre disposition.


Utilisation typique du module de dessin dans Intelligence



Utilisez les différentes icônes représentant les atomes / cycles / liaisons pour dessiner votre molécule.  



Un fichier .mol peut également être importé directement dans le sketcher :


 



Pour gagner du temps, au lieu d'importer un fichier, le nom d'une structure (IUPAC, commun, commercial) peut également être tapé dans la fonction "auto-reconnaissance" (menu d'importation par défaut) et la structure sera dessinée instantanément. La fonction de reconnaissance automatique fonctionne également avec les SMILES et le numéro CAS. Les modifications visant à étendre les structures recherchées peuvent maintenant être dessinées dans le sketcher.


Différences entre une structure avec des hydrogènes dessinés et des hydrogènes implicites dans la recherche de sous-structures :

  • Dans la recherche de sous-structure, si vous ne dessinez pas activement un hydrogène sur un C, N, O, P, etc., il est considéré par le système comme un point de variation dans votre recherche de sous-structure. 
  • Si vous dessinez volontairement l'hydrogène sur le carbone, vous verrouillez cette position et forcez le système à rechercher la structure avec un hydrogène sur ce carbone.


Recherche de polymères 


Légende des options :

  • Vert : ajouter "any" (symbole *) pour définir le début et la fin du polymère si inconnus (H, cycles, etc.).
  • Orange : pour définir le motif répété avec les crochets. 
  • Bleu, c'est la façon dont la répétition du motif est organisée (inutile si le motif est symétrique) :
    • ht : motif répété tête-bêche, 
    • hh : motif répété tête-tête, 
    • eu : motif de répétition quelconque ou inconnu. Les deux répétitions sont possibles ou la séquence est inconnue.
  • Rouge : nombre de répétitions, n'importe lequel (n), spécifique (comme 8), intervalle (5-8), ou une combinaison (comme 3, 5-8).



Si vous êtes intéressé par les caractéristiques des requêtes, qui peuvent être dessinées dans Marvin JS, une page de résumé est à votre disposition (voir ci-dessus).