配列の検索

Orbit バイオシーケンス(配列)データの収録
Orbit Biosequence(OBS)には、110万件の特許公報内の4億件以上の配列表データが含まれています。 特許公報の配列は、Genbank、EMBL、DDBJ、およびUS、EP、WO、JP、KR、CAの配列表から取得されます。 また、CN、WO、JP、KR、CA、FR、GB、IL、...
火, 18 5月, 2021 at 10:55 午前
Short sequence(短配列)検索を行う
短配列には、CDR、プライマー、酵素認識部位などがあります。 短配列を検索するには、以下の操作を行ってください: - FASTA形式で入力 - アドバンスト・パラメータを開く - [short input sequences]チェックする - e-valu...
木, 10 2月, 2022 at 9:51 午前
配列の検索方法
配列をFASTA形式でコピー&貼り付けし(1つまたは複数の配列を同時に独立して検索できます)、配列の種類(タンパク質/ヌクレオチド)を選択します。 必要に応じて、アドバンスト・パラメータを開きます。 ー MOTIF検索を行う ー short input sequ...
火, 18 5月, 2021 at 11:02 午前
Orbit Biosequence(OBS)の結果をどのように読むか
目次 TABLE OF CONTENTS 検索結果および検索された配列の確認 結果が出ない場合は、検索方法を確認してください %IDフィルターで結果を絞り込む 適切な割合(%)のIDとは... その他のフィルターについて OBS固有のカラムと表示についてはこちら アライメントタブ:配列のパワフ...
火, 31 5月, 2022 at 7:06 午前
Orbit Biosequenceではどのような種類の検索が可能か
核酸配列またはアミノ酸配列は、Orbit Biosequence(OBS)プラットフォームで検索できます。 次の3種類の検索を使用できます。: 「標準」配列検索では、ヌクレオチド長が約100以上、またはアミノ酸長が約30以上の配列を検索します。         ● この検索では、NCBI...
金, 8 7月, 2022 at 3:08 午前
FASTA形式とは
FASTA形式は、ヌクレオチド配列またはアミノ酸(タンパク質)配列のいずれかを表すためのテキストベースの形式であり、ヌクレオチドまたはアミノ酸は1文字のコードを使用して表されます。 この形式では、配列名とコメントを配列の前に置くこともできます。 この説明行は「>」で始まり、配列に名前または...
火, 18 5月, 2021 at 10:51 午前
アラインメントをどのように読み取るか
アライメントを読み取る 右側のパネルには、アライメントを表示するための新しいタブである[アライメント]タブ(1)が作成されています。 アライメントは検索されたクエリの配列(2)ごとに編成されます。 検索したクエリの配列ごとに、それぞれ一意の配列に一致するもののグラフィック表現が表示されます(3)。...
木, 16 12月, 2021 at 5:13 午前
Biosequenceのための特別なフィルター
Orbit Intelligenceで使用できる通常のフィルターに加えて、8つのBioSequenceフィルターがあります。
金, 21 5月, 2021 at 5:52 午前
配列(バイオシーケンス)ーヒットリストのカスタマイズ
配列検索で得られた結果のリストは、「表示」オプションをクリックしてカスタマイズできます。 「表示するフィールド」セクションには、結果ページにすでに表示されているフィールドが表示されます。 「使用可能なフィールド」セクションには、表示されていない残りのフィールドのリストが表示され...
水, 10 2月, 2021 at 11:25 午前
Biosequence: モチーフ検索
配列をモチーフで検索できます。 CDR配列の基、特定のペプチドパターン、またはSNPの検索がこれまでになく簡単になりました。 Motif の書き方ルール ルールは広範ですが、具体的に次のものがあります: 文字そのものと一致する文字(曖昧文字が展開される) .(ドット)任意の文字 ?...
木, 16 12月, 2021 at 8:49 午前